目前，杭州機場已聚集了進境植物種苗、冰鮮水產(chǎn)品、食用水生動物及水果四大國家級重要指定口岸資質(zhì)，成為浙江省指定口岸門類最齊全的空港口岸。

杭州機場進境水果指定口岸建設(shè)于2015年7月向國家質(zhì)檢總局提出了設(shè)立申請，同年11月12日正式獲質(zhì)檢總局批復(fù)籌建。建成的進境水果指定口岸設(shè)有約2000平方米的現(xiàn)場查驗場地，包括400平方米的專用查驗室和辦公場地，設(shè)有約300立方米配備溫濕度控制系統(tǒng)的水果監(jiān)管冷庫和冷處理庫，配備了完備的可滿足不合格進境水果熏蒸或銷毀要求的檢疫處理場所和設(shè)施，裝有360度無死角視頻監(jiān)控系統(tǒng)和查驗監(jiān)管系統(tǒng)等。2017年6月，質(zhì)檢總局考核專家組對杭州機場進境水果指定口岸進行了實地考核驗收，對杭州口岸扎實高效的建設(shè)工作給予了充分肯定。